A Poisson hierarchical modelling approach to detecting copy number variation in sequence coverage data.

BACKGROUND: The advent of next generation sequencing technology has accelerated efforts to map and catalogue copy number variation (CNV) in genomes of important micro-organisms for public health. A typical analysis of the sequence data involves mapping reads onto a reference genome, calculating the respective coverage, and detecting regions with too-low or too-high coverage (deletions and amplifications, respectively). Current CNV detection methods rely on statistical assumptions (e.g., a Poisson model) that may not hold in general, or require fine-tuning the underlying algorithms to detect known hits. We propose a new CNV detection methodology based on two Poisson hierarchical models, the Poisson-Gamma and Poisson-Lognormal, with the advantage of being sufficiently flexible to describe different data patterns, whilst robust against deviations from the often assumed Poisson model. RESULTS: Using sequence coverage data of 7 Plasmodium falciparum malaria genomes (3D7 reference strain, HB3, DD2, 7G8, GB4, OX005, and OX006), we showed that empirical coverage distributions are intrinsically asymmetric and overdispersed in relation to the Poisson model. We also demonstrated a low baseline false positive rate for the proposed methodology using 3D7 resequencing data and simulation. When applied to the non-reference isolate data, our approach detected known CNV hits, including an amplification of the PfMDR1 locus in DD2 and a large deletion in the CLAG3.2 gene in GB4, and putative novel CNV regions. When compared to the recently available FREEC and cn.MOPS approaches, our findings were more concordant with putative hits from the highest quality array data for the 7G8 and GB4 isolates. CONCLUSIONS: In summary, the proposed methodology brings an increase in flexibility, robustness, accuracy and statistical rigour to CNV detection using sequence coverage data

A requirements engineering approach based on the alignment of data warehouses and business strategy

Garantizar que los almacenes de datos estén alineados a la estrategia del negocio es primordial para su éxito, ya que estos son utilizados por los gerentes del negocio con el fin de analizar los datos estratégicos de la organización. En este trabajo presentamos un enfoque de ingeniería de requerimientos orientado al negocio que alinea el Almacén de Datos a su plan estratégico. El proceso se describe mediante un conjunto de directrices que incluyen: el análisis VMOST para obtener los objetivos desde los usuarios, el modelo BMM para comprobar que los objetivos definidos estén alineados con la estrategia, el modelado de objetivos por medio de i* con el fin de obtener los requerimientos de información del Almacén de Datos, y el modelado multidimensional mediante un perfil UML. Se presenta un estudio de caso para mostrar el proceso completo.Ensuring that data warehouses are aligned to the business strategy is critical for their success, as these are used by business managers to analyze the organization's strategic data. An approach to requirements engineering-oriented business that aligns the data store to its strategic plan is presented. The process is described by a set of guidelines that include: VMOST analysis to obtain the objectives from the users, the BMM model to verify that the defined objectives are aligned with the strategy, modeling objectives through i* to obtain the information requirements of the data warehouse and multidimensional modeling by UML profile. A case study to show the entire process is presented.Este trabajo se ha realizado con el apoyo de la Dirección de Investigación, Vicerrectoría de Investigación y Postgrado de la Universidad de La Frontera, a través del Proyecto de Investigación DIUFRO DI11-0044

Ingeniería de requerimientos orientado a objetivos en almacenes de datos: un estudio comparativo

Data warehouses provide historical information about the organization that needs to be analyzed by the decision makers; therefore, it is essential to develop them in the context of a strategic business plan. In recent years, a number of engineering approaches for goal-oriented requirements have been proposed, which can obtain the information requirements of a data warehouse using traditional techniques and the objectives of the modeling. This paper provides an overview and a comparative study of the treatment of the requirements in the existing approaches to serve as a starting point for further research.Los almacenes de datos proveen información histórica de la organización que requiere ser analizada por los tomadores de decisiones, por lo que es primordial desarrollarlos en el contexto del plan estratégicos del negocio. En los últimos años se han propuesto una serie de enfoques de ingeniería de requerimientos orientada a objetivos que permiten obtener los requisitos de información, a cubrir por el almacén de datos, mediante técnicas tradicionales y del modelado de objetivos. Este trabajo, ofrece una visión general y un estudio comparativo del tratamiento de los requisitos en los actuales enfoques con el fin de servir de punto de inicio a posteriores trabajos de investigación.This work was financed by the Universidad de La Frontera. DIU-FRO Project DI13-0047

Evaluacion del modelo aerodinamico simplificado para determinar la evapotranspiracion en soya (Glycine max cv. Paoki)

Resumen (Spanish, English)39 p.La evapotranspiración (ET) es importante en la determinación de las necesidades de agua de los cultivos, el diseño y operación de los sistemas de riego. Para estimarla se han desarrollado varios métodos los que además de presentar diferentes grados de error deben ser calibrados localmente. El Modelo Aerodinámico Simplificado (MAS), estima la ET en forma directa (no necesita de calibración) y se basa en el principio físico del balance de energía para un cultivo. La energía que recibe un sistema cultivo desde el sol se denomina radiación neta (Rn), y es la que emplea dicho sistema para realizar 3 procesos: incrementar la temperatura del suelo (flujo de calor del suelo, G), producir el calentamiento del ambiente (flujo de calor sensible, H), y el cambio de agua líquida a gaseosa (flujo de calor latente, LE), proceso conocido como ET. El objetivo de esta investigación fue evaluar el Modelo Aerodinámico Simplificado como estimador del flujo de calor latente (LE) sobre un cultivo de soya, empleando datos meteorológicos registrados por estaciones automáticas pertenecientes al Instituto Nacional de Investigación Agraria (INRA) en Francia; y comparados con los obtenidos por el modelo de Bowen, que es uno de los más exactos y simples usados en investigación. Los resultados mostraron que, en promedio, el MAS presentó una línea de regresión que pasa por el origen con pendiente estadísticamente uno (α = 0,05) y una desviación estándar del error de 46 W m-2. La principal dificultad del modelo se refiere a las propiedades aerodinámicas de los cultivos, las que debieron ser estimadas. Lo anterior revela que este modelo podría ser una herramienta eficaz en la estimación del calor latente y de la evapotranspiración

Movilidad urbana como vía para el desarrollo sostenible: Caso Nuevo León

Urban mobility is increasingly present when addressing strategies for sustainable development within urban areas. Therefore, it is necessary to generate strategies to propose urban planning according to the real needs of the population. Mobility is of the utmost importance for a decent and good quality of life for citizens. Thus, the promotion for the fulfillment of the objectives for the sustainable development of the Agenda 2030 of the United Nations has allowed a new impetus to address the concepts of sustainability in urban transport systems, from a focus of citizen competences that are involved in such development. Analyzing the metropolitan area of Nuevo León is pertinent in this sense, since it is years behind with respect to road culture and urban mobility. Therefore, the objective of this article is to analyze, through indicators proposed by international organizations, the challenges and opportunities of the area, in order to identify and evaluate proposals for urban mobility as a way for sustainable development in Nuevo León. For the present study, a qualitative investigation is carried out, carried out from a documentary and bibliographical analysis.La movilidad urbana se encuentra cada vez más presente al momento de abordar estrategias para un desarrollo sostenible dentro de las manchas urbanas. Por lo que es necesario generar estrategias para plantear una planeación urbana de acuerdo con las necesidades reales de la población. Siendo de suma importancia la movilidad para una digna y buena calidad de vida para los ciudadanos. Es así, que la promoción para el cumplimiento de los objetivos para el desarrollo sostenible de la Agenda 2030 de las Naciones Unidas ha permitido un nuevo impulso para abordar los conceptos de sostenibilidad en los sistemas de transporte urbano, desde un enfoque de competencias ciudadanas que se involucren en tal desarrollo. Analizar el área metropolitana de Nuevo León resulta pertinente en este sentido al tener un rezago de años con respecto a la cultura vial y la movilidad urbana. Por lo que el objetivo del presente artículo es analizar mediante indicadores propuestos por organizaciones internacionales los retos y oportunidades de la zona, con el fin de identificar y evaluar las propuestas de movilidad urbana como vía para el desarrollo sostenible en Nuevo León. Para el presente estudio se lleva a cabo una investigación de corte cualitativo, realizada a partir de un análisis documental y bibliográfico